在《生化危机4重制版》中，玩家们要面对各种恐怖的敌人。除了最普通的变异村民和后期的全副武装的村民之外，游戏中还存在着一些十分难缠的特殊敌人。他们拥有更为巨大的体型和更强大的实力，甚至在一开始就让里昂和艾达都吃了不少苦头，更有强大的更是让艾达都只能仓促逃命，可以说是玩家们在游戏中最大的绊脚石了。
这位想必大家都不会陌生，作为游戏前期第一位登场的精英敌人，无论是里昂还是艾达初次遭遇他都在他手中吃了不小的亏，里昂体内的普拉卡病毒也是拜他所赐。并且由于其高大的身躯和刀枪不入的防御，普通攻击很难对其产生伤害，所以第一次遇见他的时候玩家们都只能选择逃跑。
门德斯之所以比一般村民高大和强大得多主要原因是因为他体内的普拉卡寄生虫属于高级版的良种型，不仅在实力上比感染一般病毒的村民强大得多，并且还可以控制他们的行为。在主线剧情的第六章中，村长就指挥着村民们一路追捕里昂和爱丽丝，最后里昂拼尽全力几乎耗尽了身上全部的弹药才最终战胜了他。
如果要说提到《生化危机4》时脑海里浮现出的第一幅画面是什么，相信很多玩家会第一时间想到在湖中心大战巨型鲶鱼的画面。哪怕是不少没玩过生化的玩家都在网上看到过这段游戏中的经典桥段，这条巨型鲶鱼正是主角里昂前期要面对的敌人—湖主。
湖主的本体其实是一条蝾螈，因为占领了村庄后的光明教要实验各种病毒的威力，所以就拿它当成了实验对象。在接受了多种不同的普拉卡病毒后，湖主也就变异成了如今的惊人体型，在游戏中和它的战斗属于特殊的机制战斗，虽然说难度不大，但是对于后期打速通或者打专家模式S+的玩家来说这是一个极其容易翻车的地方。
在游戏中城堡堡主拉蒙萨拉扎身后有着两位身材高大的“左膀右臂”，也就是玩家们俗称的“左右手”。猎犬“佩桑塔”就是其中之一，佩桑塔在游戏本篇剧情之中并没有太多戏份。然而在艾达王的DLC《生化危机逆命殊途中》，佩桑塔拥有大量的戏份，并且从一开始就给艾达造成了巨大的麻烦，一路追杀艾达直至最后的决战才被艾达所击杀。
佩桑塔原为城主萨拉扎的一名管家，为了更好地保护她的主人，她自愿接受了普拉卡病毒并且与病毒成功完成了融合，融合后的佩桑塔也被称为“U3”。佩桑塔的能力非常强大，它可以释放出一连串的的虫卵，爆炸后的幼虫可以钻入猎物的皮肤中当做信标，佩桑塔就可以根据这些信标追杀猎物到天涯海角。
在艾达DLC的第一章节中，艾达就是因为不小心中了它的攻击导致体内进入了寄生虫从而被佩桑塔一路追杀，期间多次险象环生，好在最后终于是在与佩桑塔的决战中战胜击杀了它，失去了宿主的寄生虫也得以自我毁灭。完全体的佩桑塔也可以说是DLC中难度最高的一场BOSS战了，哪怕在这之前搜集了一波丰富的弹药物资，在这场两个阶段的BOSS战中也得接近弹尽粮绝。
和佩桑塔一样，贝尔杜戈是城主萨拉扎的“左膀右臂”中的另外一位，在游戏中并没有太多关于它的剧情戏份，仅仅只是在游戏本篇的第10章中作为关底BOSS登场。相比于佩桑塔在DLC大量的戏份，贝尔杜戈可以用毫无存在感来形容了。
贝尔杜戈原为一位名叫伊西得罗的助手，也正是他一手促成了萨拉扎的管家变异融合为U3的实验，在管家成功融合病毒之后，他也不甘示弱同样与病毒成功地融合，变异成了刽子手“贝尔杜戈”。
贝尔杜戈的特点是全身上下都充满了异常坚硬的铠甲，普通武器对它产生不了太大的伤害，它也是整个游戏中唯一一位可以在普通状态下硬吃一发RPG而不死的BOSS。不过他的弱点也同样明显，就是害怕极度低温，所以我们在战斗中需要把它引到低温液氮喷射口来削弱他的防御力，然后用自身的武器便可以轻松击杀它。整体的战斗难度相比于佩桑塔要来的简单不少。
如果说《生化危机4重制版》中硬要选出最恐怖的场景的话，那么遍布再生者的军事基地可以说是首当其冲了。相信很多玩家第一次遇到再生者的时候都是手足无措吧，无论我们打了多少枪就是打不死，最终只能仓皇而逃，配合上军事基地黑暗的环境以及再生者渗人的叫声，很多玩家都在这被狠狠地吓到了。
其实再生者并不是打不死的，它们只是再生能力比较强大，它们的体内有着3-5条寄生虫，也就是玩家们俗称的“心脏”，必须得全部消灭后才可以彻底击杀它们。在一开始遇见他们的时候玩家们还没有获得可以看穿他们体内寄生虫的热成像瞄准镜，所以显得十分棘手，在之后获得热成像后这些怪物便不值一提了。其实用匕首击杀它们的效率更高，还可以练习自身的弹反水平，练好了多周目可以拿他们刷宝石。
马丁尼科登场于艾达DLC中，在艾达篇的第6章节中艾达会遭遇它的攻击，它也是包括游戏本体在内的所有敌人中唯一无法通过正常手段击杀的敌人，只能通过剧情中激光通道的激光来击杀，可以说是游戏中最为强大的敌人了。
根据游戏中获得的资料显示，马丁尼科本身非但不强大，反而还很脆弱。但是在使用“琥珀”对其进行了多次的强化试验之后，它就变得刀枪不入。传统武器基本对它难以起到伤害，而且在此基础上还拥有惊人的恢复和再生能力，可以说是综合了贝尔杜戈+再生者的所有强项了，难怪艾达在遭遇它后二话不说赶紧逃命，想必也是知道如此强大的敌人和它正面作战就是送死。
其实《生化危机4重制版》中强大的BOSS还有不少，例如里昂的老上司克劳瑟，唯一一位支配性普拉卡感染者萨德勒等，他们在游戏的过程中都给玩家们带来了不小的麻烦。也正是这些令人印象深刻的强大敌人，才让游戏变得挑战性十足，也让玩家们一遍又一遍不厌其烦地通关，大家印象中最深刻的敌人是谁呢？
